Durante a implementação da integração, podem surgir desafios como a falta de interoperabilidade entre sistemas, custos com novas tecnologias e treinamento das equipes, além da necessidade de padronizar os dados compartilhados. Para superar essas dificuldades, recomenda-se a adoção de padrões internacionais, como HL7 e FHIR, a escolha de fornecedores com bom suporte técnico e o planejamento de treinamentos estratégicos para todos os profissionais envolvidos.