A migração de sistemas legados para plataformas modernas enfrenta desafios técnicos, como a complexidade de integração e transferência de grandes volumes de dados sem perdas. Também existe resistência interna das equipes, receosas com a adaptação a novas tecnologias, além de desafios financeiros relacionados a custos de implementação e manutenção. Outro ponto é a possibilidade de interrupções no serviço, que podem afetar o atendimento ao paciente se o processo não possuir um bom planejamento e apoio de especialistas.