O principal desafio das OSS é equilibrar a qualidade do atendimento à população com o cumprimento de metas contratuais, controle de custos, transparência no uso de recursos públicos e conformidade regulatória. Elas precisam encontrar formas de aumentar a produtividade e eficiência sem comprometer o orçamento e ainda prestar contas com clareza aos órgãos fiscalizadores.