Os principais desafios para a interoperabilidade nos centros de saúde envolvem barreiras culturais e de liderança, presença de sistemas antigos (legados) que não se comunicam, além do desalinhamento de incentivos entre instituições. A decisão de integrar sistemas e disponibilizar dados de forma inteligente depende de visão estratégica e disposição para investir em tecnologia e atualização de processos.